外国企业的分公司在马来西亚不被视为居民企业，等同于外国公司的法律地位，因此外国企业在马来西亚设立的分公司没有资格获得新设立企业或者给予居民企业的税收优惠。
但是，设立分支机构和独立子公司的税收影响主要区别取决于母国的税收制度。
如果母国对于纳税居民的全球收入征税，该公司可以先设立一家分支机构（在亏损期间），随后设立一家子公司（在公司开始盈利的时候）。
在注册费用方面，注册分公司的费用相对于注册一间外国公司100持股或少数持股的本地公司来说，费用较高。
同时马来西亚本地公司向非居民或非居民企业（分公司就属于此类型的企业），就提供的服务/技术咨询/租赁的付款，要向税务局缴纳预扣税（withholding tax），预扣税的缴纳义务人是付款人，预扣税根据协议收费内容不同而不同，最高可达15。
这也是在税收方面的考虑
有鉴于此，大多数外国公司更愿意设立子公司而不是分公司。